Die Bedingungen für die floristische Besiedlung von Quellbereichen werden in großem Maße durch das Lichtangebot und über den Chemismus des Quellwassers geprägt. Auch die Strömungsgeschwindigkeit des austretenden Quellwassers ist entscheidend für die Ansiedlung von Pflanzen.

In Fließquellen sind meist nur wenige Makrophyten zu finden, da eine zu starke Strömung eine dauerhafte Ansiedlung erschwert oder verhindert. Das Grundsubstrat solcher Quellen ist häufig grob und es fehlen die wichtigen Pflanzennährstoffe. Besiedelt werden in Fließquellen vor allem Zonen mit Strömungsschatten bzw. flach überströmte Randbereiche. Am häufigsten sind hier moosreiche Rieselgesellschaften zu finden.

In den strömungsarmen Sickerquellen werden feine Partikel akkumuliert, sodass der Untergrund oft schlammig wird. Diese Quellsümpfe werden von speziellen Quellfluren besiedelt. Je nach Standortbedingungen werden sie von unterschiedlichen Arten dominiert. An Quellen mit silikatischem Charakter sind Bitteres Schaumkraut (Cardamine amara) oder das Quellmoos Philonotis fontana besonders häufig. Auf kalkreichen Standorten dominieren dagegen Starknervmoose (Cratoneuron sp.), das Echte Löffelkraut (Cochlearia pyrenaica) oder die Gänsekresse (Arabis jacquini). Auf nährstoffreichen Böden sind Milzkraut- oder Schaumkrautfluren zu finden. Typische Vertreter dieser Vegetationseinheiten sind Wechselblättriges bzw. Gegenblättriges Schaumkraut (Chrysosplenium alternifolium, C. oppositifolium), Bitteres Schaumkraut (Cardamine amara) und die Brunnenkresse (Nasturtium officinale).

In großflächigen Sickerquellen können auch Waldgesellschaften auftreten, die an nasse oder feuchte Standorte angepasst sind. Typische Gehölze sind Erlen (Alnus glutinosa), Eschen (Fraxinus ecxelsior) und Weiden (Salix sp.). Am Übergangsbereich zum Umfeld werden diese Arten von Ahorn (Acer sp.), Ulme (Ulmus sp.) oder Hainbuche (Carpinus betulus) begleitet.

Brehm, J. u. Meijering, M.P.D. (1990): Fließgewässerkunde – Einführung in die Limnologie der Quellen, Bäche und Flüsse. Quelle & Meyer Verlag, Heidelberg.

Submerse Makrophyten kommen meist nur in Tümpelquellen vor, da hier eine ausreichende Wassertiefe vorhanden ist. Diese Standorte haben gegenüber Weihern und Tümpeln den Vorteil, dass sie im Winter nicht zufrieren.

In Deutschland kommen an Quellen mehr Makrophytenarten vor, als an den anderen Gewässerabschnitten. Dies hängt vor allem mit der Vielfalt an unterschiedlichen Stanortbedingungen an Quellen zusammen. Vor allem für Sumpfpflanzen, die an den Sickerquellen ständig nasse Standorte vorfinden, bilden Quellen einen sehr wichtigen Lebensraum.

Für intakte Lebensgemeinschaften in Quellen sind Pflanzen unverzichtbar. Sowohl lebende Pflanzen als auch abgestorbene Teile bilden die Lebensgrundlage phytophag lebender Tiere. Zwischen fehlendem pflanzlichem Nahrungsangebot z.B. in Form von Erlen- oder Eschenblättern und der zoologischen Artenvielfalt lassen sich direkte Beziehungen herstellen.